Il Monastero fu fondato nel 1556 grazie al nobile Giovanni Greco, che donò la propria villa per accogliere le monache Clarisse. I lavori furono portati a termine nel 1562.
Il 4 maggio 1648 venne portato a Pollenza dalle catacombe di S. Ponziano il corpo di S. Giacinto martire, donato dal Card. C. Pampiani alla fraternità dove vivevano due sue sorelle. Racconta una tradizione che i due muli che trainavano il carro con il corpo del giovane soldato romano, giunti presso il monastero si fermarono, inginocchiandosi davanti al portone. L’urna è conservata nel coro interno, in attesa di essere traslata sotto l’altare laterale della chiesa.
Dopo varie soppressioni e trasformazioni, il monastero è tornato alla vita contemplativa.
La facciata dell’edificio chiesastico è caratterizzata dalla presenza di un portale cinquecentesco, ornato da triglifi e fiori stilizzati, mentre il suo interno è costituito da una sola navata ornata da tre altari con grandiose macchine di legno dorato, risalenti alla fine del XVII secolo (stile barocco). In uno di questi si trova il quadro raffigurante Lo sposalizio di S. Caterina, il quale per impostazione e resa coloristica richiama gli stilemi dei pittori della «scuola romana»; sotto l’altare maggiore è custodito il corpo del martire S. Giacinto, soldato romano, cui è dedicato anche l’altare destro della chiesa.
Al suo interno è inoltre collocata una copia della tela raffigurante Il transito di San Giuseppe del pittore Sebastiano CONCA detto “il Cavaliere” (1680-1764); il dipinto originale venne trafugato dalle truppe napoleoniche (attualmente si conserva nella pinacoteca BRERA di Milano).
Al di là della grata in ferro, posta dietro l’altare maggiore, si intravede un coro in noce, a due ordini, con 25 stalli. Annessa al monastero delle clarisse con portale del XVI secolo.
Il Monastero è abitato da una comunità di monache clarisse. Dispone di una foresteria in autogestione attigua alla chiesa di San Giuseppe e di una casa di accoglienza situata in un edificio retrostante ma collegato al monastero. È presente inoltre un orto privato.