La chiesa fu costruita in stile romanico, migliorata nel 1200, donata ai Francescani nel 1285 e dedicata a San Francesco. Distrutta nel 1443 da truppe nemiche, fu ristrutturata nel 1784 in stile barocco da Giuseppe Tranquilli, con una navata unica e decorazioni interne. Contiene la pala miracolosa di Sant’Antonio di Lorenzo d’Alessandro (1496), celebrata per la liberazione dalla peste, e vari altari con dipinti significativi.
La facciata monumentale fu realizzata tra il 1907 e il 1931 dall’ing. Cesare Bazzani e altri artisti, in omaggio all’Ordine Francescano e al santo protettore, con mosaici, sculture e simboli teologici.
Conserva elementi romanici e gotici originali, come il chiostro e il portale del 1377. La chiesa è un importante centro religioso e artistico di Pollenza.